Allgemeines

Der Schutz Ihrer persönlichen Daten ist uns ein besonderes Anliegen. Die Universität für Bodenkultur Wien (BOKU) legt Wert darauf, die Privatsphäre der Nutzer/innen ihrer Website zu schützen. Die BOKU verarbeitet Daten daher ausschließlich im Sinne der DSGVO und des österreichischen Datenschutzgesetzes (DSG). Deshalb informieren wir Sie nachfolgend, welche Daten wir bei Ihrem Besuch unserer Website erheben und wozu wir sie verarbeiten und nutzen. Diese Datenschutzerklärung informiert Sie darüber, welche personenbezogenen Daten während eines Besuchs der BOKU Website bzw. beim Abrufen der unter der Domain "boku.ac.at" bereitgestellten Inhalte erhoben werden und wozu die BOKU diese Daten verarbeitet bzw. wie die BOKU mit diesen Daten umgeht. Die Datenschutzerklärung bezieht sich auf jene Bereiche der BOKU Website, deren Inhalte öffentlich, das heißt ohne vorherige Registrierung zugänglich sind (im Folgenden als "öffentlich zugängliche BOKU Website" bezeichnet). Die BOKU betreibt darüber hinaus zahlreiche Webdienste, die nur nach Registrierung und/oder Login genutzt werden können. Dies betrifft insbesondere Lehrveranstaltungs- und Prüfungsanmeldung, die Voranmeldung zum Studium, die Lehrveranstaltungsverwaltung incl. Ressourcenverwaltung, die eLearning-Angebote sowie weitere Internetdienste. Im Rahmen dieser Dienste werden weitere personenbezogene Daten erhoben und verarbeitet (wie beispielsweise Name, Matrikelnummer, Anschrift), um die jeweiligen Dienste erbringen zu können. Nähere Informationen hierzu werden bei den jeweiligen Diensten bereitgestellt. Ferner können Departments, Institute und Serviceeinrichtungen der BOKU eigene Websites betreiben, für die sie inhaltlich verantwortlich sind. Auf diesen Websites können weitere personenbezogene Daten erhoben werden, als in dieser Datenschutzerklärung angeführt.

Erhebung und Verwendung personenbezogener Daten

Beim Besuch der Website erhobene Daten

Bei Aufrufen der öffentlich zugänglichen BOKU Website werden jene Daten erhoben, die bei Nutzung des Webangebots automatisch übermittelt werden. Diese Daten werden in Server-Logfiles und Systemen zur Fehleranalyse protokolliert. Dabei handelt es sich um folgende Daten:
  • IP-Adresse, von der aus zugegriffen wurde, incl. Proxys
  • Datum und Uhrzeit des Zugriffs
  • Aufrufmethode (z.B. GET)
  • Aufgerufene URL incl. Servername
  • Zugriffsprotokoll (z.B. HTTP/1.1)
  • HTTP-Antwortcode
  • Dateigröße
  • Antwortzeit
  • Content-Type der Antwort
  • Zuvor besuchte URL (Referrer URL)
  • Betriebssystem und Browsertyp (User-Agent)
  • Name Ihres Internet-Zugangs-Providers
Die Logfiles werden für einen Zeitraum von drei Monaten gespeichert.

Cookies

Die BOKU Website verwendet so genannte Cookies. Dabei handelt es sich um kleine Dateneinheiten, die beim Besuch der BOKU Website am Endgerät der Nutzer/innen gespeichert werden. So kann sich die Website bestimmte Eingaben und Einstellungen (z.B. Login) über einen bestimmten Zeitraum, solange das Cookie gespeichert ist, merken. Die BOKU Website verwendet Cookies insbesondere dazu, um die Darstellung der Website für authentifizierte Nutzer/innen anzupassen und die Nutzung der Website so bequem wie möglich zu machen. Ferner werden Cookies für analytische Zwecke verwendet, um die Systeme der BOKU zu optimieren und die Qualität des Webangebotes zu verbessern. Cookies können jederzeit über entsprechenden Einstellungen des Webbrowsers gelöscht werden. Ferner können Cookies über die jeweiligen Browsereinstellungen generell deaktiviert werden, wobei dies jedoch in manchen Fällen zu Einschränkungen der Nutzungsmöglichkeiten der BOKU Website führen kann. Do-Not-Track-Anforderungen werden von der BOKU respektiert. Die BOKU verarbeitet diese Informationen zum Zwecke der Erstellung von anonymisierten Nutzungsstatistiken sowie der Gewährleistung des ordnungsgemäßen Betriebs und der Überwachung der Leistungsfähigkeit der Website. Verwendung von Daten auf Basis einer Einwilligung Soweit die BOKU Daten auf Grundlage einer Einwilligung verarbeitet, wird die BOKU die Betroffenen hierüber vorab gesondert informieren und ihre Einwilligung einholen. Die Betroffenen haben in jedem Fall das Recht, eine erteilte Einwilligung jederzeit zu widerrufen. Durch den Widerruf wird die Rechtmäßigkeit der aufgrund der Einwilligung bis zum Widerruf erfolgten Verarbeitung nicht berührt.

Weitergabe der erhobenen Daten

Eine Weitergabe der auf der öffentlich zugänglichen BOKU Website erhobenen personenbezogenen Daten durch die BOKU an Dritte findet nicht statt, außer gesetzliche Vorgaben verlangen Anderes.

Recht auf Auskunft, Berichtigung, Löschung oder Einschränkung, Widerspruchsrecht und Beschwerdemöglichkeit bei der Datenschutzbehörde

Nutzer/innen können jederzeit gemäß den gesetzlichen Datenschutzbestimmungen, insbesondere den Artikel 15 bis 21 Datenschutz-Grundverordnung (DSGVO), Auskunft über sie betreffende personenbezogene Daten verlangen, sowie unrichtige Daten berichtigen oder löschen lassen oder die Einschränkung der Verarbeitung verlangen bzw. der Verwendung ihrer Daten widersprechen. Entsprechende Anfragen können an die im Abschnitt "Kontaktdaten" angegebene Stelle gerichtet werden. Bei einzelnen Diensten, die auf der BOKU Website für eingeloggte Nutzer/innen zur Verfügung stehen, besteht auch die Möglichkeit, Änderungen der eigenen personenbezogenen Daten selbst vorzunehmen. Nutzer/innen haben ferner nach § 13 des österreichischen Datenschutzgesetzes (DSG) das Recht auf Beschwerde bei der Datenschutzbehörde, wenn sie der Ansicht sind, dass die Verarbeitung der sie betreffenden personenbezogenen Daten gegen die DSGVO oder gegen das 1. oder 2. Hauptstück des DSG verstößt.

Verweise auf externe Webseiten (externe Links)

Die von der BOKU angebotenen Webseiten können Links zu externen Websites, also Websites Dritter, enthalten. Die BOKU hat jedoch keinen Einfluss auf deren Inhalte und die Datenschutzstandards solcherart verlinkter Seiten. Eine Haftung seitens der BOKU für externe Links ist daher ausgeschlossen.

Datensicherheit

Die BOKU setzt geeignete und angemessene technische und organisatorische Maßnahmen, um die Daten der Nutzer/innen vor zufälliger oder unrechtmäßiger Zerstörung, vor Verlust und vor Zugriff durch Unbefugte zu schützen.

Kontaktdaten

• Verantwortliche
Universität für Bodenkultur Wien
Gregor-Mendel-Straße 33
1180 Wien
• Datenschutzbeauftragte/r
Muthgasse 11/2
1190 Wien
datenschutz[at]boku.ac.at
Allgemeine sowie weiterführende Informationen zum Thema Datenschutz an der BOKU finden Sie unter www.boku.ac.at/datenschutz.

Für den Inhalt verantwortlich:

Diese Website wird von der Universität für Bodenkultur Wien, Institut für Angewandte Mikrobiologie
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Haftung

Sämtliche Texte wurden sorgfältig geprüft. Dessen ungeachtet kann keine Garantie für die Richtigkeit, Vollständigkeit und Aktualität der Angaben übernommen werden. Eine Haftung der Universität für Bodenkultur Wien, sowie der Arbeitsgruppe Mattanovich, wird daher ausgeschlossen. Die Links zu anderen Webseiten wurden sorgfältig ausgewählt. Da die Universität für Bodenkultur Wien, sowie der Arbeitsgruppe Mattanovich, auf deren Inhalt keinen Einfluss hat, übernimmt die Universität für Bodenkultur Wien, sowie die AG Mattanovich, dafür keine Verantwortung.

Data Source and Elaboration

This graphical, web based representation of the K. phaffii proteome map, was created based on data reported by Valli et al. (A subcellular proteome atlas of the yeast Komagataella phaffii, FEMS Yeast Research, 2020, https://doi.org/10.1093/femsyr/foaa001) and reflects the protein localization pattern of K. phaffii CBS 7435 grown on shake flasks on YP media containing two different carbon sources, glucose or methanol.

Specific subcellular fractionation protocols have been used to isolate the 8 organelles of interest: endoplasmic reticulum, cis-Golgi, trans-Golgi, plasma membrane, vacuole, peroxisome, cytosol and mitochondria. Quantitative proteomic analyses have been performed and allowed not only to see if a protein was detectable and in which organelle, but also to see if the protein is enriched in the organelle of interest over the homogenate.

Statistical analyses have been applied to every organelle to investigate the distribution of the proteins found, which is based on the Log2FC of the signal intensity of identified proteins in the organelle of interest over the nuclei-free homogenate (also known as post-nuclear supernatant, PNS). Finally, those analyses determined for each specific organelle above which cutoff a protein should be considered as enriched in that organelle.

To allow a direct comparison of the protein enrichment in different compartments the data have been further normalized based on their cutoff, minimal and maximal values. By this normalization, the values range from -1 and 1 and the value 0 correspond to the specific cutoff for the organelle. A positive value indicates that the protein is considered as enriched, whereas a negative value indicates that the protein was detected but below the cutoff.

Development & Cooperation

The app was initially developed in cooperation with students of the University of Applied Sciences Vienna (FH Campus Wien), Martina Koller and Sandra Hauzmayer, and later changed and adapted by an employee of acib GmbH.

Two Search Modes

The map allows two different search modes.

The first search mode, named “Search by organelle”, gives the possibility to select an organelle of interest and get the list of proteins found in it. The organelle selected gets highlighted in dark green and on the right side we get for every found protein two histogram bars, one black and one white, which correspond to the normalized Log2FC of the protein found in that organelle derived from glucose and methanol grown cells, respectively. The data are per default sorted by glucose, this means that on a first view we have the most enriched proteins in the organelle from glucose grown cells. A click on “Methanol” allows to sort the data by methanol, which means we get the most enriched proteins in the organelle from methanol grown cells. If we are interested on the finding of a specific protein in a specific compartment, we select first the compartment and afterwards look for the protein with the short-cut Strg+F. If the protein was detected in the organelle of interest, we get the corresponding histograms.

There are three possible outputs: if the protein was quantified in the organelle of interest we get the corresponding histograms, if the protein was not quantified we get the information “not quantified” and if the protein was not included in the analyses because at the time of the MS analyses the corresponding ORF was wrongly predicted or not yet annotated we get “not in experiment”.

Values are between -1 and 1. The zero (marked with a red dotted line) represents the cutoff for the specific organelle. Proteins with values > 0 are found enriched in the organelle over the homogenate whereas proteins with values ≤ 0 are detected but below the cutoff.

The second search mode, named “Search by Gene/Protein name”, gives the possibility to select the protein of interest and see in which organelle it was found. Once we specify the protein of interest, we get on the top of the page the corresponding ORF ID, including a link to the database entry of this protein, with the gene description (constantly updated based on pichiagenome-ext.boku.ac.at/) and we get highlighted in a specific color code the organelles in which the protein was found. The organelle in which the protein is found enriched gets red, with a color intensity which is directly proportional to the enrichment, gets yellow if the protein is found only below the cutoff and stays gray if the protein was not detected in that organelle. Furthermore, by scrolling over the cellular compartments, we get the name of the compartment and the corresponding normalized value of Log2FC or the information “not quantified”.

A single click on the result bars in the “Search by organelle” mode allows to directly switch to the according “Search by Gene/Protein name” view for the selected protein where we get specific information and enrichment results of the protein of interest.

ORF ID
Gene ID
Gene Description
 enriched (intensity gradually increased from >0 to 1)
 below the cutoff (-1 to ≤ 0)
 not quantified
GLUCOSE
METHANOL